22日，丁汝昌經過調查之后，向李鴻章奏明詳細的情形，說海戰打響之后，致遠’艦沖鋒被魚雷擊沉，‘濟遠’管帶方伯謙居然率艦撤出隊伍，逃回戰場，各船觀望星散。倭船分隊追趕‘濟遠’不及，折回將‘經遠’攔截擊沉，余船復回歸隊�！隆搩缺粩撑趽羧牖鹌穑傊翜\處焚沒�！畵P威’艙內火起，又為‘濟遠’攔腰碰壞，亦駛至淺處焚沒。查戰時‘定遠’、‘鎮遠’艙內亦為敵彈炸燒，一面救火，一面抵敵，皆無失事�！ⅰ畵P’若不駛至淺處，火即可救�！涍h’同‘致遠’一樣奮勇摧敵，聞自該管帶等中炮陣亡，船方離隊，如仍緊隨不散，火亦可救，‘廣甲’管帶吳敬榮隨‘濟遠’逃至三山島東擱礁，連日派船往拖，難以出險。現用駁船先取炮位，再不浮起，只得用藥轟毀。竊自倭寇起釁以來，昌屢次傳令，諄諄告誡，謂倭人船炮皆快，我軍必須整隊攻擊，萬不可離，免被敵人所算。此次……乃‘濟遠’首先退避，將隊伍牽亂，‘廣甲’隨逃，若不嚴行參辦，將來無以儆效尤而期振作。余船請暫免參……。方伯謙即先逃走，實屬臨陣退縮，應請旨將該副將即行正法，以肅軍紀。

隨后，9月24日午時方伯謙被以“首先退避”、“牽亂隊伍”，“攔腰:中撞揚威”三條大罪正法于旅順軍前。一百多年來，關于方伯謙的死，史學界一直爭論不休。有些人認為方伯謙確實是臨陣脫逃，被殺也是罪有應得。有些人認為方伯謙沒有臨陣脫逃，他的死只不過是做了李鴻章和丁汝昌的替罪羊，方伯謙案完全是中國近代歷史上的一大冤案。特別是近年來，兩種觀點各執一詞，爭論不休。

認為方伯謙死的冤的學者認為，丁汝昌從電請參辦方伯謙到對方伯謙的正法，只間隔了三天的時間，這三天中并未對方伯謙進行審訊。如此急著處死方伯謙實際上就是要拿方來做替罪羊。甲午海戰，北洋海軍失利，朝廷如果怪罪下來，身為北洋海軍執掌者的李鴻章和前線指揮官的丁汝昌都難逃其咎。為了逃避的戰敗的責任，他們只能拿方伯謙提前脫陣來做文章，由此編造出“首先退避”、“牽亂隊伍”，“攔腰:中撞揚威”三條大罪，將戰敗責任全推在方伯謙頭上，好為自己開脫。
這派學者還拿出了許多證據來證明自己的觀點。他們認為丁汝昌給李鴻章的報告，是有意打亂了戰場上實際的時間順序，揚威艦是在1時10分左右中敵炮起火，向大鹿島方向撤退，并在大鹿島附近擱淺。濟遠艦退出戰場是在3時30分左右。濟遠艦退出戰場的時候，揚威艦已不在戰場，又怎么可能把它攔腰撞壞呢？另外，濟遠艦和揚威艦一個在戰陣的右翼外側，一個在戰陣的左翼，兩艦相差很遠，根本不可能相撞。同時，兩艦撤出戰場的方向也是正好相反一個相東南一個西，相背而駛，更沒有相撞的可能。丁汝昌之所以要在奏報中打亂時間和位置的順序就是為了把整個海戰失敗的原因推到方伯謙一人身上，故意要拿方伯謙做海戰失敗的替罪羊。

他們指出濟遠艦的退出不是什么首先退避，而是在力戰受傷失去戰斗能力情況下保存戰艦的無奈之舉。從濟遠艦返回后的情況來看，戰艦確實受到了嚴重的損傷。在黃海海戰的過程中，濟遠艦同廣甲、經遠、致遠四艦共同結陣御敵。當戰斗打到下午一兩點鐘的時候。廣甲艦臨陣畏縮首先逃離海戰戰場，致遠艦被敵艦魚雷擊中沉沒，經遠艦遭敵艦重創喪失戰斗能力。也就是說，這一翼的四艘戰艦中，此時只剩下濟遠艦自己孤軍奮戰。它遭到4艘敵艦的圍攻，傷亡嚴重，又得不到主隊的救援，只好在危急的情景下沖出重圍西撤。所以，這種情況下的撤離根本不能說是臨陣脫逃。另外，據一些學者考證，濟遠艦在撤離船隊之后，也沒有放棄戰斗，而是獨自開辟了與日本的第一游擊隊在西戰場苦戰至海戰結束，才且戰且退的返回旅順軍港。至于為什么日本的海戰記錄中沒有這一段戰斗的記載，主要是因為，日艦為報豐島之仇，以第一游擊隊四艦圍攻濟遠艦，都未能擊沉‘濟遠’，這事如果說出來將會使得第一游擊隊抬不起頭來。因此，他們不敢在海戰記錄中明言。至于“濟遠”為什么比主力艦隊早回旅順基地幾個小時。學者們認為，這也許是因為濟遠艦同船隊航向、航程和航速的差異造成的，并非‘先逃’4小時所致”。此外，北洋海軍戰陣的混亂，也并非是方伯謙造成的。主要是因為丁汝昌、劉步蟾指揮不當，編隊有誤造成。甲午海戰開戰之后，丁汝昌把幾艘航速比較快的大型鐵甲艦置于陣頭，而把幾艘最弱的戰艦置于陣腳。這樣在艦隊奮力追敵的過程中，由于各艦航速上的差異，艦隊隊形不打自亂。出于后面的濟遠、廣甲、超勇、揚威等小型戰艦因追趕不上被拋在陣尾。使得日艦有機會以快船繞過陣頭大艦，轉而圍攻后翼弱艦。導致整個北洋艦隊出于被動挨打的局面之中。此后，又經劉步蟾擅自改變艦隊隊形，致使船隊更加混亂。所以，加給方伯謙的幾項罪名都不成立，方伯謙是被冤殺的。

對于上面的觀點，持反對意見的學者們也拿出了自己的證據。首先，方伯謙率艦退出戰場逃回旅順，這是不爭的事實。依據《北洋海軍章程》，“臨陣逃亡者，斬立決”，所以無論有什么理由，方伯謙都違反了這條軍紀，被殺也是罪有應得。

此外，學者指出方伯謙在黃海海戰之前的牙山海戰中就有臨陣脫逃謊報戰況的記錄。1894年7月25日，方伯謙率領“濟遠”艦會同“廣乙”艦，共同護送高升號運兵船前往朝鮮牙山。在豐島海面，與日本聯合艦隊中第一游擊隊遭遇。日艦首先開炮，挑起了豐島海戰。經過一番激戰，“廣乙”負傷東退，“濟遠”則且戰且退，日艦“浪速”、“吉野”緊追不放�！皾h”艦曾升起白旗投降，無效。爾后又升起日本海軍旗，還是無效。最后，經義憤水手自發發炮還擊，擊傷吉野號，濟遠艦方得逃回旅順。逃回旅順后，方伯謙反而謊稱自己力戰銼敵，后又掛白旗誘敵，“我船后臺開四炮，皆中其要害，擊傷倭船，并擊死倭提督并官弁數十人，彼知難以抵御，故掛我國龍旗而奔”，以此遮蓋自己臨陣脫逃的事實。 關于方伯謙在豐島海戰中的表現，在《東方兵事紀略》這樣記載:“‘濟遠’之奔，倭‘吉野’追甚急。‘吉野’為新式快船，每四刻能行二十三海里，勢將及，管帶方伯謙及樹白旗，繼而樹日本旗，倭追如故，時有水手王姓者，甚怒而素甚弱，問何人助我運子？又有一水手挺身愿助，乃將十五生特尾炮連發四擊……伯謙既度生還，歸威海，遂稱擊斃倭海軍總統以捷聞”。由此可見，方伯謙是有著臨陣脫逃，謊報軍情的前科的。此次在黃海海戰中，據當時船上的一些水手們回憶。方伯謙在戰斗打響之后，不但不敢在艦橋上指揮戰斗，反而畏縮到鐵甲倉內，致使軍艦喪失戰機，腹背受敵。

同時，對于那些替方伯謙翻案的學者們提出的論點。持反對意見的歷史學者們也一一進行了反駁�？傊瑥哪壳暗臓顩r來看，方伯謙到底是不是被冤殺的，還不好下結論。這一問題的徹底解決，恐怕還要做進一步的考證。